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Title: Análises in silico da sequência SEC14 de cana-de-açúcar para floração
Authors: Silva, Camila Rayane Pereira da
Keywords: SECRETION14;SECRETION14;Saccharum;Saccharum;Ferramentas de bioinformática;Bioinformatics Tools
Issue Date: 7-Nov-2016
Publisher: Universidade Federal do Rio Grande do Norte
Citation: SILVA, Camila Rayane Pereira da. Análises in silico da sequência SEC14 de cana-de-açúcar para floração. 2016. 46 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação)- Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2016.
Portuguese Abstract: A floração é considerada um processo chave, o meio pelo qual ocorre a reprodução das plantas. Apesar de amplamente estudada em modelos vegetais, os mecanismos envolvendo a floração em cana-de-açúcar ainda não são bem conhecidos. Em estudos anteriores, foi identificada por homologia a sequência de DNA complementar (cDNA) da proteína SEC14, sendo essa um potencial repressor do processo de floração. Tal proteína é conhecida por sua atuação no tráfego de fosfatidilinositol e fosfatidilcolina, além de estar associada à formação de vesículas secretoras. Visando compreender o papel dessa proteína no processo de floração em cana-deaçúcar, a sequência da proteína SEC14 de cana-de-açúcar foi utilizada para realizar buscas por sequências homólogas em outros organismos, bem como para a construção de interatomas. Também houve a busca de potenciais sítios regulados por microRNAs (miRNAs) e fatores de transcrição, obtenção do padrão de expressão da SEC14 em tecidos vegetais e outras análises in silico. Os resultados obtidos mostraram identidades superiores a 85% da proteína SEC14 de cana-de-açúcar com suas homólogas e uma separação de sequências entre as monocotiledôneas e eudicotiledôneas nas análises filogenéticas. Os interatomas sugerem uma provável atuação dessa sequência na biossíntese de fosfatidilcolina. Os dados das análises de miRNAs mostraram que a sequência pode ter regulação por eles, desempenhando assim um papel regulatório em gramíneas e participando na formação do meristema axilar e desenvolvimento foliar para A. thaliana. As análises das regiões promotoras apresentaram uma regulação pelos fitormônios, pelas proteínas PHYA e PHYB, desenvolvimento do gametófito feminino, parede celular, órgãos florais e relação com o Ácido abscísico (ABA). Todas essas análises in silico e os resultados de Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa em Tempo Real (qPCR) reforçam o potencial papel dessa sequência no processo de floração em plantas de cana-de-açúcar, sendo assim um alvo para o melhoramento genético.
Abstract: Flowering is considered a key process for plant reproduction and the seed production (the next generation). Although this process is well known in plants, it is not in sugarcane. In previous studies, it was identified a cDNA sequence with homology to SEC14 hence, being a potential repressor for the flowering process in sugarcane. This protein is known for acting in the traffic of phosphatidylcholine and phosphatidylinositol, and it is also associated with the secretory vesicles formation. Then, the aim of the present study was to understand the role of SEC14 sequence in sugarcane flowering. SEC14 protein sequence from sugarcane was used to search for homologous sequences in other plant organisms, as well as for making an interactome. It was also made a search for transcription factors and possible microRNAs (miRNAs) regulatory sites. Furthermore, it was analyzed the expression pattern from SEC14 in plant tissues and other in silico analysis. The results obtained showed the proteins obtained had more than 85% of identity between SEC14 from sugarcane and their homologous. Likewise it was observed in phylogenetic analyses a separation from sequences among the Monocots and Eudicots. The interactomes suggest a probable role of that sequence in the biosynthesis and transport of phosphatidylcholine and phosphatidylinositol. The miRNA data has shown that the SEC14 sequence may have regulation by them, which may be playing a regulatory role in grass and it may be participating in axillary meristem formation as well as in leaf development for A. thaliana model. The analysis of promoter regions showed a possible regulation by phytohormones PHYA and PHYB, development of female gametophyte, cell wall, floral organs and relationship with Abscisic acid (ABA). All these in silico analysis presented here and the Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) results from a previous work reinforce the potential role of SEC14 on sugarcane flowering process, therefore, being a target for genetic improvement.
URI: http://monografias.ufrn.br/jspui/handle/123456789/3379
Other Identifiers: 2013040956
Appears in Collections:Ciências Biológicas (bacharelado)

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